R. Jaingpati memerintah Sumenep antara tahun
1644-1648 M. sebagi pemimpin baru di Sumenep, kehadiran R. Jaingpati tidak
dapat di terima rakyat Sumenep. Semua kebijakan pada semua sistem
pemerintahan tidak dapat melakukan perubahan di berbagai bidang. Perekonomian,
pendidikan, budaya dan keagamaan semuanya semakin memburuk. Hat tersebut
membuat rakyat Sumenep tidak bersimpati terhadap kepemimpinan R. Jaingpati.
Sehingga semua rakyat Sumenep berharap dan berdo’a agar R. Jaingpati secepatnya
diganti oleh pemimpin dari keturunan asli Sumenep.
Raden Bugan putra R. Abdullah (Pang.
Cokronegoro I) yang selamat dari peperangan melawan Mataram kini telah dewasa.
Setelah beberapa tahun lamanya R. Bugan menempa dirinya dalam bidang agama di
Giri dan dalam bidang tata Pemerintahan di Mataram, merasa terpanggil untuk
kembali ke Sumenep meneruskan harapan semua rakyat Sumenep. Karena R. Bugan
mendengar kabar bahwa Sumenep dipimpin oleh R. Jaingpati sepupu Pangeran
Cakraningrat I yang tak cakap dalam menjalankan pemerintahan. Setelah melalui
peperangan dan dukungan dari rakyat Sumenep serat dibantu oleh R. Trunojoyo,
akhirnya R. Bugan dapat merebut Sumenep kembali pada tahun 1648 M.