Menjadi raja Sumenep dengan Gelar Natakusuma
II. Pada masa memerintah antara tahun
1854-1879 M. Dalam memerintah ia menderita kelumpuhan pada seluruh
anggota tubuhnya, sehingga dalam menjalankan roda pemerintahan dibantu oleh
saudaranya sendiri, antara lain yaitu:
a.Pangeran
Aria Jakfar Sadik
Suryaamidjaya, yang ditunjuk
sebagai sekretaris pribadi.
b.Pangeran
Aria Mas’ud Suryaadiputra, ditunjuk
mengurus bagian keuangan
(bendahara) keraton.
Panembahan Natakusuma II tidak menunjukkan
hal-hal yang istimewa. Bahkan pada masa Panembahan, isi keraton semakin berkurang karena
diberikan kepada orang-orang yang datang mengunjunginya. Pada tahun 1857 M
untuk memperkuat kontrol politik pemerintah Kolonial Belanda atas madura, maka
dibentuklah Karesidenan Madura dengan ibu kotanya di Pamekasan. Pada tahun 1868
M masalah pengaturan irigasi pertanian oleh pemerintah Hindia Belanda
diserahkan kepada Panembahan.